Yapımcı Tahir Hussain ve Zeenat Hussain'in en büyük çocuğu olarak 1965'te Mumbai'de doğdu. Erkek kardeşi Faisal Khan da aktördür. Ayrıca Farhat ve Nikhat adında iki de kız kardeşi vardır. Ayrıca yeğeni Imran Khan da oyuncudur.
Oyunculuğa 1973 yapımı Yaadon Ki Baaraat filmiyle başladı. Filmi amcası Nasir Hussain yönetmişti. 1984'te Holi ve 1988'de Qayamat Se Qayamat Tak filmleriyle ünlendi. Dil Hai Ke Manta Nahin (1991), Hum Hain Rahi Pyar Ke (1993) gibi filmlerde oynamakla birlikte standart bir Bollywood yıldızına göre daha az filmde göründü. 1999 yılında kendi adını taşıyan Aamir Khan Productions yapım şirketini kurdu. 2001'de Lagaan filmi, tüm dünyada kabul ve takdir gördü. Aynı yıl yer aldığı Dil Chahta Hai filminden sonra 4 yıl oyunculuktan uzak durdu. 2005 yapımı Mangal Pandey: The Rising ile geri döndü. Sonrasında Taare Zameen Par, Ghajini ve 3 Idiots gibi çok sevilen filmlerde başrolde yer aldı.
6 Mayıs 2012 tarihi itibariyle Aamir Khan'ın ilk televizyon programı "Satyamev Jayate" Star Plus kanalında yayınlanmaya başladı. Sonrasında P.K. (2014) ve Dangal (2016) gibi yapımlarda oynadı.
İki kez evlenen Khan'ın ilk evliliği Reena Dutta ile 1986'da başladı. 16 yılan süren evlilikte Junaid adlı bir erkek ve Ira adlı bir de kız çocuğu doğdu. 2005'te yönetmen Kiran Rao ile evlendi ve 2011'de Azad adlı bir erkek çocuğu daha dünyaya geldi. Müslüman olan Aamir Khan, 2013'te hacca gittiğini açıklamıştır.
2017 yılının Ekim ayında ilk kez Türkiye'ye ziyaret eden Aamir Khan, hayranlarının yoğun ilgisiyle karşılanmış, ayrıca bazı devlet büyükleriyle de görüşme fırsatı yakalamıştır.