Ünlü senarist çift Javed Akhtar ve Honey Irani'nin oğlu olan Akhtar, küçük yaşlarından itibaren sinema dünyasının içindeydi. Farhan Akhtar 17 yaşında yönetmen Manmohan Singh'in 1991 yapımı Lamhe filminde asistanlık yaptı. Daha sonra Pankaj Parashar'ın Himalayputra (1997) filminde yine asistanlık yaptı. İlk yönetmenlik deneyimini Dil Chahta Hai filmiyle 2001'de yaşadı ve övgü topladı. 2006'da bu kez Don filminin yönetti. Kamera önüne ise ilk kez 2008 yapımı Rock On filmiyle geçti. 2011'de Don serisinin 2. filminde de yönetmenliği üstlendi.
2000 yılından beri film kuaförü Adhuna Akhtar ile evlidir.