1946'da Fransa doğumlu Katolik Jacqueline Goddet ve Yahudi Louis Silverstein'ın çocuğu olarak New York'ta doğdu. Pottstown, Pennsylvania'daki yatılı The Hill School'da okurken anne ve babası ayrıldı. Zamanının çoğunu babasıyla geçirse de yaz tatilleri için annesinin Fransa'daki ailesini ziyaret ediyordu. Bu nedenle akıcı şekilde Fransızca konuşabilmektedir. Liseden sonra Yale Üniversitesi'ne kaydoldu, ancak Saygon'daki Vietnamlı gençlere İngilizce öğretmenliği yapmak üzere okulu bıraktı. Okula tekrar dönse de yine okuldan ayrıldı 1967'de Vietnam'daki Amerikan Ordusu'na katıldı. Burada 1.5 yıl kadar kalan ve aktif savaşa katılan Stone, 2 kez yaralandı.
Döndükten sonra New York Üniversitesi'nde sinema bölümünü bitirdi. 1974'te ilk filmi Seizure'ı yönetti. 1978 yapımı Alan Parker'ın yönettiği Geceyarısı Ekspresi (Midnight Express) filminin senaryosunu yazdı. Söz konusu film, Türkiye'de büyük tartışma yarattı. Stone da En İyi Uyarlama Senaryo dalında Oscar kazandı. 1981'de ikinci filmi The Hand'i yönetti. 1986'ya kadar Conan the Barbarian, Scarface gibi önemli filmlerin senaryosuna imza attı. 1986'da kendi Vietnam anılarından yola çıkarak yazıp aynı zamanda yönettiği Müfreze (Platoon) filmiyle En İyi Yönetmen dalında Oscar kazandı. Müfreze filmi, En İyi Film de dahil olmak üzere toplam 4 Oscar'ın sahibi oldu. 1 yıl sonra yönettiği Borsa (Wall Street) ise filmin başrol oyuncusu Michael Douglas'a En İyi Aktör dalında Oscar getirdi. 1989 yapımı Doğum Günü 4 Temmuz filmiyle kariyerinin 2. En İyi Yönetmen Oscarı'nın sahibi oldu.
1991'de iki önemli biyografik filme yönetmen olarak imzasını koydu: The Doors'da 60'ların ünlü grubunun ikonik solisti Jim Morrison'ın hayatını anlatırken, JFK'de ise eski Amerikan Başkanı John F. Kennedy suikastinden sonra yaşananları izleyicilerle buluşturdu. 1994 yapımı Katil Doğanlar'ı (Natural Born Killers), Quentin Tarantino'nun öyküsünü uyarlayarak çekti. 1995'te bir başka Amerikan Başkanının, Richard Nixon'ın politik hayatını anlattığı anlattığı Nixon'ı yönetti. 1999'da ise bir spor draması olan Kazanma Hırsı (Any Given Sunday) ile kariyerli bir oyuncu kadrosunu bir araya getirdi.
2000'lerde yine verimli bir şekilde ve biyografik yapımlara ağırlık vererek yönetmenlik kariyerini sürdürdü. Alexander, World Trade Center, W. ve Snowden gibi filmleri yönetti. 2010'da, Wall Street'in devamı niteliğindeki Wall Street: Money Never Sleeps'i çekti. Filmin başrolünde Michael Douglas ile birlikte Shia LaBeouf oynadı. Siyasi olarak son derece aktif bir karakter olan Stone'un, Rusya Devlet Başkanı Vladimir Putin'le yaptığı röportajlar, The Putin Interviews adında 4 bölümlük bir belgesel-dizi olarak yayınlandı.
1971'den 1977'ye kadar Najwa Sarkis ile evli kalan Stone, 1981'de yapımcı asistanı Elizabeth Burkit Cox ile evlendi. Bu evlilikten Sean Stone (d. 1984) ve Michael Jack (d. 1991) adlarında iki oğlu dünyaya geldi. Çift 1993'te boşandı ve Stone, Güney Koreli Jung Sun-jung ile 1996'da evlendi. Sun-jung'la ilişkisinden 1995 doğumlu Tara adında bir kızı bulunmaktadır.
