1946'da doktor bir baba ile çevirmen bir annenin oğlu olarak Bad Wörishofen, Bavyera'da doğdu. 16 yaşında okulu bırakan ve homoseksüel olduğunu açıklayan Fassbinder, yönetmenlik yapmadan önce film setinin, hemen hemen tüm bölümlerinde görev yaptı. 1960'ların ortalarında Friedl-Leonhard Stüdyosu'nda tiyatro ve sahne dersleri aldı ve 1967'de Münih'teki Anti-Theater'a katıldı. Tiyatro yılları, Fassbinder'in sinema dilinin gelişmesine büyük katkıda bulundu. 1969'da çektiği ilk uzun metrajlı filmi 'Liebe ist kälter als der Tod' (Aşk Ölümden Soğuktur), Berlin Film Festivali'nde gösterildiğinde olumlu tepkiler almadı. Aynı yıl çektiği ve bir tiyatro oyunundan uyarladığı Katzelmaher, küçük çaplı bir başarı yakaladı.
10 Haziran 1982'de Münih'teki evinde ölü bulundu. Otopsi sonucunda yüksek dozda kokain ve uyuşturucu sonucunda öldüğü anlaşıldı. Münih'teki Bogenhauser Mezarlığı'na gömüldü. 37 yaşında hayatını kaybeden Fassbinder'in ölümüyle Yeni Alman Sineması'nın son bulduğu kabul edilmektedir.