Laborde'de doğan Samuel, Newell's ve Boca Juniors'ta oynadıktan sonra Avrupa'ya 2000 yılında AS Roma ile anlaşarak geldi. 2004'te Real Madrid'e geçen Samuel, 2005'te yeniden İtalya'ya döndü ve Inter'e ile tam 9 sezon geçirdi. 2014'te İsviçre ekibi Basel'e transfer oldu.
Arjantin ulusal takımıyla 56 maçta 5 gole imza attı.