1953'te Van'ın Bahçesaray ilçesinde doğdu. 1970'lerde fotoğrafçılık ve sinemayla ilgilendi. 1980'de ilk uzun metrajlı filmi Bir Günün Hikayesi'ni çekti, filmde Fikret Hakan ve Nur Sürer gibi isimler yer aldı. 1981'de İlyas Salman'la Müjde Ar'ın oynadığı Çirkinler de Sever ve yine Salman'la Şener Şen'in oynadığı Çiçek Abbas filmleriyle beğeni kazandı. Çirkinler de Sever filmi, Antalya Altın Portakal Festivali'nde En İyi Film ödülünü aldı. 1985'te tartışma yaratan filmi 14 Numara, Çetin'e Altın Portakal'da bu kez En İyi Yönetmen ödülünü getirdi.
1990'larda çektiği ilk film olan Berlin in Berlin, Hülya Avşar ve Cem Özer'li kadrosuyla yine çok tartışmalar yarattı. 1995'te Bay E filmi geldi. 1999'da yönettiği Propaganda, efsane aktör Kemal Sunal'ın son filmi oldu. 2000'de Kadir İnanır'ın başrolünde yer aldığı Komser Şekspir'i yönetti. Film Gibi adlı televizyon programını sundu. Sonraki dönemde Romantik (2007), Kağıt (2010) ve Çanakkale Çocukları (2011) gibi filmleri, daha öncekiler kadar yankı uyandırmadı.
İlk evliliğini Hale Çetin'le yaptı ve bu evlilikten 1985 doğumlu Rüzgar Çetin adlı bir oğlu oldu. 1990'da filmlerinde görüntü yönetmenliği yapmış Alman Rebekka Haas ile evlendi. Bu evlilikten de Rafael Cemo Çetin (d. 1992), Orfeo Çetin (d. 1994) ve Tess Sahara Çetin (d. 1996) adlarında 3 çocuğu oldu.